1、当玩家第一次尝试故事模式时,奥特曼格斗进化零解锁奥特之父可以选择任意一个角色进行游戏。但在第二次玩的时候,除了雷欧和梦比优斯之外,可以选择其他人物进行挑战。因为雷欧没有隐藏剧情。
2、梦比优斯的剧情与其他人不同。玩家可以从初代、赛文、杰克或艾斯泰罗中任选一个角色来进行故事模式。
3、当玩家成功击败希波利特星人后,在第一次特训时,先打败与玩家训练的角色对手。然后在遇到第二个对手之前保存游戏进度,并退出游戏。接下来在pSp上调整系统日期至三天以上后重新开始游戏即可。此时特训剧情将有所变化,并且会出现暴走巴尔坦星人和暴走帝国星人等新内容。完成这部分内容后,请返回M78星云继续特训。
4、最终BOSS是暴走佐菲,在成功击败他之后,玩家将获得奥特之父。