莫丁-HI—DO(海德)
莫丁是合金弹头系列中的最终BOSS,合金弹头英文名叫什么名字也是剧情的重要角色。他拥有全屏扫射和导弹攻击,对指挥官们来说是通关的巨大考验!
钻探机器蛇(ASSYNERO)
钻探机器蛇是第二代作品中第二关的BOSS。指挥官需要不断跳跃登上高塔,并向下方持续开火,这对新手来说非常具有挑战性。
巨型隐者(HUGEHERMIT)
巨型隐者是第三代作品中的首个BOSS,也让许多新手指挥官感到困扰。虽然很难打败他,但只要保证载具不会迅速受损,在拥有载具的情况下击败巨型隐者还是相对简单的。
独眼(MONOEYE)
独眼是第三代作品中第二关的小BOSS,也是合金弹头系列中为数不多的生物体BOSS之一。他召唤出来球非常难以避开,因此许多指挥官都会在这里花费很长时间。不过,如果变成僵尸状态,可以快速击杀他。
木星王者(JUpITERKING)
木星王者是第三代作品中第三关的BOSS。他以其喜感的外表吸引了许多指挥官的喜爱,但千万不要被外表所迷惑。木星王者的激光是他最强大的武器,让轻视它的指挥官付出了惨痛的代价!